1.個人獨資公司和個體工商戶兩者的投資主體和財產所有權不同。個人獨資公司只能是一個自然人進行投資，具有自給自足、自負盈虧的特點；上海注冊個體工商戶就可以個人進行投資經營，另外也可以家庭為單位進行投資經營。

2.個人獨資公司和個體工商戶兩者的經營權不同。個人獨資企業(yè)的投資人可以委托或聘用他人來管理公司事務，也就是說，個人獨資公司的所有權和經營權是可以分離的；但是，個體工商戶的投資者與經營者必須要是同一個人，也就是投資設立個體工商戶的自然人。在兩者的相比之下，個人獨資公司的經營形式更為靈活一些。